В 1999 году Новолипецкий металлургический комбинат выступил инициатором создания благотворительного фонда социальной защиты «Милосердие». С 20 апреля 1999 года благотворительный фонд начал работу.
В мае и сентябре Президиум фонда утверждает восемь программ, которые охватывают различные сферы социальной поддержки населения Липецкой области. Приоритетными направлениями благотворительной деятельности становится забота о воспитанниках детских домов и интернатов; помощь малообеспеченным семьям; поддержка ветеранов и пенсионеров; помощь инвалидам и людям, попавшим в трудную жизненную ситуацию.
Весной 2000 года фонд «Милосердие» проводит первую благотворительную акцию – «Путевое сообщение». По обращениям глав сельских администраций Липецкой области фонд оплачивает доставку щебня для отсыпки дорог и восстановления транспортного сообщения с отдаленными населенными пунктами в регионе.
Фонд выступил спонсором фестиваля детского творчества «Металлинка», который затем стал ежегодно проходить в загородном детском оздоровительном центре «Прометей» при поддержке «Милосердия». Поддержка фестиваля стала регулярной – фонд приобретает призы для юных талантов, оплачивает концертные расходы.
В конце 2000 года фонд совместно с профкомом НЛМК впервые провел ставшую регулярной благотворительную акцию «Рождественский поезд». Перед Новым годом более тысячи воспитанников детских домов и школ-интернатов Липецкой области получили от фонда «Милосердие» подарки.
В 2000 году фонд разработал новые социальные программы: «Духовное развитие», «Липецкие вечера» и «Наука и культура».
В 2001 году БФ «Милосердие» впервые удостоен премии «Меценат года», учрежденной Липецкой торгово-промышленной палатой. В 2005 году фонд «Милосердие» был награжден «Золотым знаком за заслуги перед г. Липецком». В 2012 году фонд вошел во Всероссийский реестр социально ответственных предприятий и организаций.
В 2021 году в период коронавирусной инфекции благотворительный фонд «Милосердие» безвозмездно передал в липецкие клиники партию небулайзеров, сотни тысяч защитных масок и костюмов, аппараты искусственной вентиляции легких, ингалятор для дыхания «Ингалит», передвижные кушетки-столы для транспортировки больных, носилки скорой помощи и более 1500 респираторов. В этом же году в Екатеринбурге открылся филиал благотворительного фонда «Милосердие», в 2022 году подобный филиал появился в Заринске Алтайского края.
В настоящее время фонд ведет работу по нескольким благотворительным программам, направленным на развитие науки и образования, культуры и искусства, спорта и здорового образа жизни, духовного развития и поддержки институтов гражданского общества. В рамках этих программ проходят следующие благотворительные акции для жителей региона: «Светлое Воскресенье» – в канун Пасхи нуждающиеся жители Липецка получают пасхальные куличи; «Одаренные дети» – проходит слет победителей школьных олимпиад города в детском лагере «Прометей». «Оздоровление ветеранов НЛМК» – для ветеранов предприятия приобретаются путевки в санатории «Сухоборье» и «Парус»; «Школьная страна» – организована подготовка воспитанников детских домов к новому учебному году, а также вручение им школьных принадлежностей и сладких подарков; «Тепло в дом» – обеспечена доставка дров бывшим работникам НЛМК, проживаюшим в домах с печным отоплением; «Прекрасное пробуждает доброе» – организованы посещения работниками предприятия и членами их семей городских культурных мероприятий; «Здоровые люди – сильная нация» – организованы посещения работниками предприятия и членами их семей спортивных учреждении города, а также оздоровление ветеранов НЛМК и инвалидов Липецка на занятиях аквааэробикой; «Надежда» и «Рождественский поезд» – организованы поздравления и подарки воспитанникам детских домов Липецка и Липецкой области ко Дню защиты детей и Новому году.
Постоянными партнерами фонда при проведении благотворительных акций стали общественные организации по поддержке материнства и детства, ветеранов войны и труда, инвалидов.
За время своей деятельности с 1999 года фонд оказал помощь на сумму около 6 млрд рублей. Ежегодно ее получают более 30 тысяч человек.
Успехи Фонда в сфере благотворительности отмечались почетной грамотой Торгово-промышленной палаты России, дважды – золотым знаком «За заслуги перед Липецком» и высшими наградами всероссийского конкурса добровольных публичных годовых отчетов «Точка Отсчета». Грантовая программа «Стальное дерево», которая реализуется при поддержке Фонда, стала победителем всероссийского конкурса «Лучшие социальные проекты России».
В 2022 году фонд стал лауреатом престижной премии «Лучшие социальные проекты России» за комплексную программу поддержки корпоративного волонтерства «#НаВолне».