В начале 1998 года в г. Ельце Липецкой области по инициативе директора стадиона «Труд» Ю. А. Киселева появляется новый футбольный коллектив, собравший в свои ряды лучших футболистов расформированных «Локомотива» и «Торпедо». Команде предстояло выступить в первенстве ЛФК МОА «Черноземье», перед ней ставилась задача – в течение ближайших сезонов выйти во II лигу отечественного футбола. Президентом нового клуба стал Ю. А. Киселев, главным тренером – Волков Н. М.
В сезоне 1998 года ФК «Елец» дебютировал в первенстве России среди любительских футбольных коллективов (ЛФК) МОА «Черноземье», где стал серебряным призером всероссийского зонального турнира ЛФК.
В сезоне 2000 года елецкая команда дебютировала в чемпионате России среди команд профессионалов II лиги, заняв 15-е место среди 20 команд участниц.
В 2003 году пост главного тренера ФК «Елец» занял Ю. Н. Адоньев. В этом же году в розыгрыше Кубка России команда добилась самой главной победы за всю историю культивирования футбола на елецкой земле – над лидером Премьер-Лиги и одним из самых титулованных российских клубов – ЦСКА. Победным стал гол Евгения Овсянникова, забитый им в ворота армейцев в самом начале первого тайма. Однако по сумме встреч середняк II лиги проиграл будущему чемпиону России в серии 1/16 Кубка страны со счетом 2:3.
Наилучшим результатом за 5-летнюю историю выступлений ФК «Елец» во II дивизионе зоны «Центр» чемпионата России 2004 года стало 8 место среди 17 команд.
В 2009 году елецкая команда была исключена из числа команд ПФЛ. 2010 год ФК «Елец» провел в зоне МОА «Черноземье» III лиги чемпионата России среди любительских футбольных команд (ЛФК) и занял 1-е место. Эта победа позволила ельчанам вернуть себе путевку в ПФЛ и открыла перед командой возможность в будущем сезоне вновь выступать во II отечественном дивизионе. Однако из-за отсутствия финансирования команда не смогла оформить заявку в профессиональную лигу. По той же причине подобное предложение было отклонено и в следующем сезоне.
В 2011 году команда из Липецкой области впервые стала обладателем Кубка межрегиональной ассоциации «Черноземье».
В следующие сезоны команда боролась преимущественно за 5-7 места в турнирной таблице.
К концу 2019 года определилась главная проблема – проблема с кадрами: трудно найти перспективного игрока для усиления состава, а удержать его еще труднее. Требовалось обновить 60-70 % состава. В 2020 году главный тренер Ю. Н. Адоньев был отправлен в отставку. На его место пришел Д. Жуковский, начинавший карьеру в родном Ельце.
В 2020 и 2022 годах ФК «Елец» становился финалистом III дивизиона Первенства России среди любительских футбольных клубов зоны «Черноземье».
Литература
Прокофьев И. Е. ФК «Елец» / И. Е. Прокофьев, В. И. Лавриненко // История Елецкого футбола : (1910-2013 гг.) : монография / под общ. ред. А. А. Шахова. – Елец : ЕГУ им. И. А. Бунина, 2014. – С. 111-140.
Киселев Ю. А. Шаг вперед с третьей попытки // Красное знамя [г.Елец]. – 2002. – 30 нояб.
Впервые в истории области : [команда из Липец. обл. впервые стала обладателем Кубка межрегион. ассоциации «Черноземье»; этот титул добавил ФК «Елец»] // Талисман. – 2011. – 8 окт. (№ 20). – С. 1, 7.
Адоньев Ю. Юрий Адоньев: «Реконструкция стадиона – первый шаг» : [гл. тренер ФК «Елец» об итогах футбол. сезона и перспективах елец. футбола] // Липецкая спортивная газета. – 2019. – 4 дек. (№ 49). – С. 9.
Революция в «Ельце»: Жуковский вместо Адоньева // Липецкая спортивная газета. – 2020. – 11 марта (№ 11). – С. 9.
Гудков А. «Елец»: 25 лет в игре! // Липецкая газета. – 2023. – 20 дек. (№ 142). – С. 29.