Липецкое областное аптекоуправление организовано в 1954 г. на основании приказа начальника Главного Аптечного управления Министерства здравоохранения РСФСР № 62 от 02 июня 1954 г.

В целях быстрейшего создания материально-технической базы для вновь организуемого областного аптечного управления решением исполкома Липецкого областного Совета депутатов «О создании материально-технической базы для аптекоуправления» (протокол № 15 от 11 июня 1954 г.) в месячный срок на базе Липецкой межрайконторы был создан центральный аптечный склад, галеново-фасовочное, оптическое производство и областная контрольно-аналитическая лаборатория. Эта ответственная работа осуществлялась под началом первого руководителя аптечной службы области Бильдина В. П.

В 1954 году в Липецкой области было 58 аптек, в т. ч. городских – 18, сельских – 40, а в г. Липецке на город с населением тогда более 150 тыс. человек – всего 8 аптек, в г. Ельце лишь 3 аптеки. Имелось 2 аптечных склада, галеновая лаборатория, 12 аптечных пунктов 1-ой и 521 аптечный пункт 2-ой категории, 2 аптекарских магазина, 18 киосков, 12 лотков. В аптеках трудилось всего 229 фармспециалистов, в том числе 32 провизора.

Липецкая область получила в наследство не лучшие аптеки: под соломенными крышами, без водопровода и канализации, с печным отоплением. Большинство аптек размещалось в арендованных и наёмных помещениях, которые не отвечали элементарным аптечным правилам. Большинство перешедших в состав Липецкой области аптек своими историческими корнями уходили ещё в ХIХ век. Аптечное хозяйство испытывало крайнюю нужду в улучшении оснащения производственных процессов необходимым инвентарем, аппаратурой, оборудованием. Ни в одной аптеке Липецкого отделения не было бюреточных установок, весовое хозяйство находилось в крайне неудовлетворительном состоянии, аптечные работники работали стоя. Отсутствие элементарного оснащения аптек резко снижало производительность труда и создавало ненормальные, а под час тяжелейшие условия труда.

Руководителями Липецкого аптекоуправления Шевцовым Юрием Викторовичем, Шепелевой Майей Михайловной большое внимание уделялось расширению и укреплению материально-технической базы аптек области. В связи с острой нехваткой аптек, на первых порах они открывались в приспособленных помещениях, и только с 1971 года началось строительство аптек по индивидуальным и типовым проектам как в г. Липецке, так и в сельских населённых пунктах. За период с 1954 по 1998 годы в области открыто 75 новых аптек, в том числе 39 сельских, 36 аптек переведены в новые помещения. Также развивалось и складское хозяйство. В 1963 году был введён в эксплуатацию типовой аптечный склад площадью 3000 кв. м. Затем был построен второй отапливаемый корпус площадью 864 кв.м., гаражи на 10 автомашин. В связи с возрастающим объёмом медпродукции увеличивались складские площади, вводилось в эксплуатацию холодильное оборудование, что было особенно важно, т.к. проводилась массовая вакцинация детей от полиомиелита и все запасы вакцины могли храниться на аптечном складе при правильном температурном режиме.

За высокие показатели в работе аптечное управление неоднократно награждалось переходящим Красным Знаменем и вымпелами, как победитель Всесоюзного и Всероссийского социалистического соревнования.

В 2020 году ОГУП «Липецкфармация» объединяет 115 розничных точек, а также современный аптечный склад, способный вместить необходимые для медицинских организаций и аптек запасы лекарственных средств и других товаров аптечного ассортимента. Это хорошо оснащенные современным оборудованием аптечные организации, оказывающие все виды фармацевтических услуг, выполняющие весь спектр услуг социальной направленности, обеспечивающие население области широким ассортиментом лекарственных препаратов и медицинских изделий. За последние 10 лет аптечные организации изменили свой внешний вид, в аптеках активно используются информационные технологии, которые позволяют сотрудникам работать оперативно в онлайн-режиме.

В настоящее время на предприятии трудится более 600 человек, в том числе 420 фармспециалистов, 82 из них имеют квалификационную категорию, в том числе 55 фармацевтических специалистов имеют высшую квалификационную категорию. Все специалисты имеют соответствующие сертификаты и богатый опыт работы в фармацевтической отрасли. 75 специалистов за хорошую работу отмечены ведомственными наградами, из них 22 ‒ награждены значком «Отличник здравоохранения», 2 ‒ имеют почётные звания «Заслуженный работник здравоохранения Российской Федерации», «Заслуженный работник здравоохранения Липецкой области».

Главным направлением работы предприятия является обеспечение доступности лекарственное помощи жителям Липецкой области. Аптечные организации предприятия располагаются во всех муниципальных районах, а также отдалённых от райцентров сельских поселениях. К настоящему времени в аптеках внедрена система персонифицированного учета льготных рецептов.

В 2001 году ОГУП «Липецкфармация» награждено золотой медалью «AWARD» за качество и эфективность. За те же показатели в 2003 году предприятие удостоено почетной награды – Золотой международной медали международного экспертного совета «Global rating». В 2012 году внесено во Всероссийский реестр социально ответственных предприятий.

В 2020-2021 годах в период пандемии по короновирусу ОГУП «Липецкфармация» в максимально короткий срок удалось сформировать необходимый запас средств индивидуальной защиты, обеспечить аптеки лекарственными препаратами, рекомендуемыми в схемах лечения COVID-19, в неснижаемых объемах.