Вице-адмирал Модест Дмитриевич Новиков родился 21 июля 1829 года в г. Раненбурге Рязанской губернии (ныне г. Чаплыгин Липецкой области), в семье подпоручика в отставке Д. Н. Новикова, предводителя дворянства Раненбургского уезда Рязанской губернии (1839-1856). Крещён 22 июля в Вознесенской церкви. Восприемниками при крещении были Н. А. Новиков и Е. Н. Черкудинова.

Окончил Морской кадетский корпус, произведён в гардемарины (1845). Плавал по Балтийскому и Немецкому морях на фрегате «Верность», на корабле «Андрей» (1847). В 1847 году произведён в мичманы и направлен служить на Черноморский флот. Плавал по Чёрному морю на кораблях «Три святителя» (1848); «Дунай» (1849); «Ягудиил» (1850). В качестве вахтенного офицера брига «Фемистокл» совершил плавание в Средиземное море (1851, 1852).

По возвращении служил на 84-пушечном линейном корабле «Селафаил». 6 декабря 1853 года произведён в лейтенанты. После затопления Черноморского флота вошёл в состав гарнизона осаждённого англо-французскими войсками Севастополя и с 13 сентября 1854 года находился на 6-м бастионе. Неоднократно командовал вылазками.

За отличие при защите Севастополя награжден орденом Св. Владимира 4-й ст. с бантом (1854); за отличие в 2-х вылазках в неприятельские траншеи получил золотую полусаблю с надписью «За храбрость» (1855); за отличие при бомбардировании Севастополя награжден орденом Св. Анны 2-й ст. с мечами (1855); получил Императорскую корону к ордену Св. Анны 2-й ст. (1855); за отражение штурма, участие в 7 вылазках и взрыв погребов 6-го бастиона награжден орденом Св. Георгия 4-й ст. (1855); получил серебряную медаль «За защиту Севастополя» на Георгиевской ленте (1856); бронзовую медаль «В память войны 1853-1856» на Андреевской ленте (1856).

По окончании войны перешёл на службу в канцелярию Военного министерства с переименованием в капитаны армейской пехоты (1857).

8 сентября 1859 года произведён в майоры и 2 августа 1869 года вышел в отставку в чине подполковника. В 1876 году вернулся во флот, зачислен во 2-й флотский экипаж и 13 декабря произведён в капитаны 2-го ранга, а уже 9 мая 1877 года получил чин капитана 1-го ранга.

С началом русско-турецкой войны 1877-1878 гг. на М. Д. Новикова была возложена задача доставить к Зимнице понтоны для переправы русских войск через Дунай и произвести минирование подступов к переправе. Награжден орденом Св. Георгия 3-й ст. (1877). При бомбардировании Севастополя 2 раза был контужен в спину и в голову; во время русско-турецкой войны был контужен в правую ногу.

1 января 1879 года пожалован во флигель-адъютанты к императору Александру II и прикомандирован к Гвардейскому флотскому экипажу. Получил румынский орден Звезды 3-й ст. (1879); румынскую медаль с надписью «За храбрость» (1879). В 1879 г. командовал отрядами миноносных судов 3-6-го флотских экипажей Балтийского флота, 6 августа 1879 г. назначен командиром 8-го флотского экипажа. Награждён греческим орденом Спасителя 3-й ст. – (1880) и орденом Св. Владимира 3-й ст. (1881). Контр-адмирал (1883). Плавал в 1885 году в Финском заливе на пароходе «Работник», пароходе «Днепр» и пароходо-фрегате «Владимир». Член комиссии под председательством вице-адмирала Н. М. Чихачева по применению Воинского устава о гарнизонной службе по Морскому ведомству (1885). С 1886 г. начальствовал над судами Практического плавания и минного отряда Черноморского флота, в том же году награждён орденом Св. Станислава I степени (1886).

1 января 1891 года произведён в вице-адмиралы и назначен старшим флагманом Черноморского флота, в следующем году был награждён орденом Св. Анны I степени и 21 декабря того же года назначен членом Адмиралтейств-совета, где состоял до самой смерти.

Скончался 22 июня 1893 года в Севастополе.

А. А. Богданов