6 июля 1965 года в г. Липецке был создан областной кукольный театр. Его директором была назначена Г. Н. Бокова, главным художником – заслуженный работник культуры РСФСР А. Ф. Бобылкин, в числе актеров – заслуженный артист Украины В. Лесовой, В. Сучкова, Г. Лучникова, В. Чиликина, Н. Франгони, Ю. Сокольских и др. Театр занимал две комнаты в полуподвальном помещении на ул. Зегеля и стационарной сцены не имел. Первый сезон открылся спектаклем «Честное слово».
Настоящее творческое становление коллектива началось с приходом в театр В. В. Жукова (1968). Его дебютной работой, как главного режиссёра-постановщика, стал спектакль «Аленький цветочек». Около 10 лет напряженной работы увенчались успехом: в 1977 году театр стал лауреатом премии Министерства культуры СССР за спектакль «Ищи ветра в поле» В. Лившица. Вскоре после этого В. В. Жуков и актер театра В. Тепляков получили звания «Заслуженный артист РСФСР».
В 1978 году на базе театра была создана Лаборатория для профессиональных режиссеров и художников, где в течение 15 лет обменивались опытом российские профессионалы-кукольники. Театр начал гастролировать по России и зарубежным странам. На международном фестивале в г. Ополе (Польша, 1987) спектакль «Ищи ветра в поле» был отмечен как лучший спектакль гостей фестиваля.
В 1998 году театр кукол получил свой дом и постоянную сцену - в бывшем Дворце культуры Липецкого трубного завода. Здание, построенное в 1950 году, имеет статус регионального памятника архитектуры. Летом 2007 года директором Липецкого государственного театра кукол стал Заслуженный артист РФ О. В. Пономарёв. 2 октября 2008 года премьерой спектакля «Трубадур и его друзья» в его постановке театр открылся после капитального ремонта и реставрации. В 2012 и 2013 годах театр успешно выступил на международных фестивалях в Турку (Финляндия) и Авиньоне (Франция).
Сегодня в репертуаре театра – около 30 спектаклей, ежегодно проходят 2-3 премьеры. Часто устраиваются благотворительные показы для детей из многодетных семей, детей-сирот. Для маленьких зрителей открыт Музей кукол.