18 октября (6 октября по старому стилю) 1864 года в г. Лебедяни считают датой образования уездной земской больницы (ныне Лебедянской межрайонной) больницы. Основанием для этого послужило объявление в официальном отделе Рязанских губернских ведомостей:

«В присутствии Лебедянского уездного совета городской больницы назначен торг, 6 октября 1864 года, с переторжкою через три дня, на отдачу в подряд на один 1865 или на три года 1866-1867-й заготовления потребностей для Лебедянской городской больницы, учрежденной на 30 кроватей, как-то: муки – ржаной, пшеничной и овсянной, круп гречневых и овсянных, солоду, соли, говядины, рыбы, масла – коровьего, коноплянного и деревянного, хлеба – пшеничного, белого и ржаного, горчицы, пиявок, уксусу, сала свиного, сахару, воску, дров, свечь, соломы, ниток, воды, холста, сукна и прочих потребностей без ограничения количества; по мере надобности, на сумму приблизительно 900 рублей…».

Известный краевед, директор Лебедянского Фонда культуры В. В. Акимов сообщает: «… Городская больница в Лебедяни существовала уже в начале XIX века и, судя по описанию города (фонд РГАДА), действовала уже в 1815 году. Медицинским обслуживанием в городе и округе занимался уездный лекарь (в 1818 году эту должность занимал отставной штаб-лекарь Пилянкевич). В 1827 году городскими властями уже рассматривался вопрос покупки отдельного дома для городской больниц. «Больничное заведение» состояло в ведомстве приказа общественного призрения и, по отчётам Полицейского управления, содержалось в должном порядк). В 1864 году, после учреждения земств, Лебедянская городская больница перешла в ведение земской управы.

В это время городовым врачом в Лебедяни служил титулярный советник А. Ф. (Константинович) Арнольди, а уездным врачом – надворный советник А. А. Косинский. У каждого их них было по одному помощнику – фельдшеру. В 1873 году городовым врачом был Ф. А. Терлецкий. В Лебедянской больнице служили коллежский секретарь К. П. Любомудров (смотритель Лебедянской больницы), коллежский асессор К. Л. Малевский (земский врач), надворный советник А. Ф. Арнольди (земский врач и врач Лебедянского уездного училища одновременно), а также земский врач – не имеющий чина Н. А. Макеев. Лебедянским уездным врачом был А. Т. Эсаулов. У больницы был и свой попечитель – потомственный почётный гражданин Козлова, купец 2-й гильдии А. С. Кожевников.

Лебедянская земская больница помещалась на Тульской улице. С 1870-х годов по 1887 год она располагалась в доме Н. И. Емельянова. В сентябре 1882 года в уездном земском собрании был впервые поднят вопрос о более основательном обустройстве больницы. Созванное 4 мая 1885 года чрезвычайное заседание уездного земского собрания, посвященное покупке дома для больницы, тайным голосованием решило купить под больницу дом лебедянского купца Н. А. Проскурина. Так, истинно демократическим путём на долгие годы была определена судьба здания для Лебедянской больницы. В объём покупки, стоившей 10 тысяч рублей, входил не только дом, но и вся довольно обширная усадьба с флигелями и надворными постройками. Приобретённый дом и усадьба требовали ремонта и значительной перестройки помещений, поэтому занять их больница смогла только в 1887 году. 

Доктор Арнольди, доверяя фельдшеру, бывал в больнице редко. Сам же посещал семьи богатых купцов, у которых состоял домашним врачом. Вскоре Земская управа уволила Арнольди за бездеятельность и пригласила на его место только что окончивших Московский университет Д. Н. Леонова и А. И. Вигрена. Два друга разделили пополам зарплату врача и фельдшера больницы. Вместе с ними на ниве здравоохранения в Лебедяни в 1888 году служили земские врачи, не имеющие чина: А. Т. Казанский и В. А. Покровский, а также городовой врач М. М. Бернадский и уездный врач И. Г. Никольский. В 1889 году на место умершего уездного врача пришёл выпускник Московского университета С. Н. Игумнов. Через некоторое время больница превратилась в хорошо оборудованную и обеспеченную медикаментами лечебницу.

В конце XIX века здесь организовали «заразное» отделение, тем самым, отделив инфекционных больных от всех остальных пациентов больницы. А вскоре устроили и «отдельную комнату для производства операций». После её оснащения необходимыми принадлежностями, операции стали проводить в ней, а не в палатах, как это было раньше.

Молодые врачи большую часть дня проводили в больнице. Они любили беседовать с больными, приучали их к правильному режиму жизни и отвлекали от вредных привычек. По предложению доктора Леонова, в больнице был организован санитарный совет, на котором обсуждались важнейшие мероприятия по развитию здравоохранения в Лебедяни и уезде. Много забот, труда и волнений доставила медперсоналу эпидемия сыпного тифа после голодного 1891 года и холера, унёсшие в могилу в течение двух месяцев свыше полутора тысяч лебедянцев. Не остался без внимания и голод 1892 года: врачи Леонов и Вигрен не только лечили ослабленных, но и принимали деятельное участие в благотворительности.

Интересна статистика городского медицинского участка. В 1895 году в Лебедянской земской больнице имелось 20 коек для мужчин и 10 коек для женщин. По отчётам за 1895-1896 годы, в больнице лечились 601 человек (333 мужчины, 200 женщин и 68 детей до 15-летнего возраста) со средней продолжительностью пребывания на койке в 16,5 дня. Таким образом, в течение отчётного года из 30 больничных коек было занято 27. Доля хирургических больных при этом составляла 33,1% (199 человек). Врачами больницы за год было сделано 80 более или менее значительных операций. Все оперативные случаи, кроме одного, были с хорошим исходом. Однако среди пациентов были и летальные исходы: смертность в больнице составила 7% (умерло 42 человека). Доктор С. Н. Игумнов так объяснял причины: «Вследствие большого количества больных в больницу принимают больных в тяжелых формах, и, ввиду тяжести болезни, естественно, и процент смертности большой. Что, однако, ни чуть не более смертности в предшествующие годы».

После отъезда Д. Н. Леонова из Лебедяни, в начале 1900-х, на его место прибыл доктор А. М. Пришвин, уроженец Ельца, брат известного писателя. Преемнику не повезло. Заразившись от больного, он скоропостижно умер. Вместе с Пришвиным в 1903 году земскими врачами служили В. Е. Проскурин, А. С. Сергиевский, А. Т. Казанский. В 1903 году обязанности городского врача исполнял земский доктор А. Н. Садовников. Кроме того, в городе был уездный врач колежский асессор Н. И. Победоносцев, по совместительству служивший врачом Тюремного отделения.

В 1908 в Лебедянскую больницу поступил работать врачом-хирургом Николай Иванович Аронов (1872-1945). Уроженец с. Мордово Симбирской губернии, после окончания с отличием в 1901 году Томского университета с присвоением звания лекаря, он семь лет работал в Томской губернии, после чего переехал в Лебедянь. С 1910 года он стал заведующим лебедянской больницей. Как врач Н. И. Аронов пользовался огромным авторитетом среди лебедянцев так, что даже спустя годы после его смерти в городе не было человека, который бы не вспоминал его добрым словом. Вторым врачом в больнице был Н. В. Колпенский.

В 1919 году в Лебедянь возвратилась выпускница Петербургского женского медицинского института, опытный бактериолог и чумолог А. А. Чурилина (1882-1944). Она возглавила бактериологическую лабораторию Лебедянской больницы и стала городским санитарным врачом. В 1936 году в Лебедяни появился другой легендарный врач – выпускник медицинского факультета МГУ хирург Н. А. Кучинский (1895-1962). Новый доктор быстро завоевал авторитет опытного хирурга и деятельного заведующего. С перерывом на годы войны (уже в первые дни войны майор медицинской службы Кучинский был призван в Красную Армию, служил начальником хирургического отделения полевого походного госпиталя, возглавлял хирургическую группу отдельной роты медицинского усиления) он руководил Лебедянской больницей до своей скоропостижной смерти в 1962 году. Число выполненных им операций превышало 15 тысяч. Под руководством Кучинского осенью 1936 года в Лебедяни была создана школа медицинских сестёр с двухлетним курсом обучения. 

В первые послевоенные годы в Лебедянском районе была больница на 95 коек, амбулатория, роддом, 15 фельдшерских пунктов, 2 фельдшерско-акушерских пункта, детская консультация, детская кухня, клиническая лаборатория, рентген-кабинет, зуболечебница. В июле 1947 года при районной больнице был организован пункт скорой помощи.

В последующем главными врачами больницы были Н. И. Корнфельд, В. И. Ларин, В. П. Огурецкий, В. В. Коростелев, В. Г. Холзаков, В. В. Шелевестер, В. А. Агузаров, Н. Н. Глуховская, Н. А. Краснолуцкий, В. П. Баранов, С. В. Седых. С 2015 года Лебедянскую межрайонную больницу возглавил А. Н. Байцуров.

В 1990-е годы в больнице происходили важные организационные и структурные изменения. Было сокращено количество стационарных коек, закрыто несколько подразделений. В то же время стали применяться новые формы оказания медицинской помощи: дневной стационар, стационар на дому, койки сестринского ухода. Больница пополнилась новыми кадрами, в том числе узкими специалистами: приступили к работе кардиолог, эндокринолог, психотерапевт. Укреплялась материально-техническая база структурных подразделений ЦРБ.

2009 год в Лебедянском районе был объявлен Годом здравоохранения. В этот период был завершен ремонт и открыты хирургическое и реанимационное отделения, в составе хирургического отделения функционируют урологические койки. Проведены ремонты в центральной районной поликлинике. Приобретено современное диагностическое оборудование: маммограф, передвижной флюорограф, офтальмологическое, лабораторное, эндоскопическое, рентгеновское, ЛОР-оборудование, а также 6 единиц санитарного транспорта. Изменена структура коечного фонда: в состав ЦРБ в качестве структурных подразделений вошли стационарные отделения бывших участковых больниц.

С 2011 года больница работает по программе модернизации здравоохранения. Развивается информационное обеспечение, электронная запись пациентов. В 2012 году в больнице открыты межмуниципальные хирургический центр и сосудистое отделение. Приобретается компьютерный томограф, аппарат УЗИ экспертного класса, оборудование для реабилитации, эндоскопическое оборудование и др.

Количество принятых амбулаторных больных составило: в 1865 году – 21540 человек, в 1964 году – 148691 человек, 2014 году – 259450 человека, 2016 году – 222914 человек, 8237 – обслужены на дому.