Герой Российской Федерации, штурман-исследователь В. И. Богодухов родился 15 февраля 1961 г. в д. Гриняйчу Шелутинского района Литовской ССР (ныне в составе Шилутского района Клайпедского уезда Литовской Республики) в многодетной семье.

В 1972 г. семья переехала в Курганскую область. После окончания школы Володя поступил в Челябинское высшее военное авиационное Краснознаменное училище штурманов. Служил в Белоруссии и на Украине.

С 1989 г. В. И. Богодухов – в 4-м Центре боевого применения и переучивания летного состава (фронтовой авиации). Это структурное формирование ВВС России (известно также как Липецкий авиацентр) с 2001 г. носило название 4-й ордена Ленина Краснознаменный Центр боевого применения и переучивания летного состава (ВВС) имени В. П. Чкалова, с 2011 г. ‒ 4-й Государственный центр подготовки авиационного персонала и войсковых испытаний Министерства обороны РФ им. В. П. Чкалова.

Последовательно проходил службу в должностях штурмана экипажа, старшего штурмана экипажа, штурмана авиационного звена, начальника разведки полка, старшего инструктора-штурмана (исследователя).

В 1993 году В. И. Богодухов в качестве флагманского штурмана принял участие в в учениях «Восход – 93», в рамках которого проводился беспосадочный перелет по маршруту Воронеж – Уфа – Омск – Джида (Бурятия) с двумя дозаправками в воздухе.

Принимал участие в первом и втором чеченских вооруженных конфликтах (1994-1996, 1999-2009). За мужество и отвагу, проявленные при выполнении специального задания, начальник разведки полка В. И. Богодухов награжден орденом Мужества (1995). За вторую кампанию удостоен ордена «За военные заслуги».

В. И. Богодухов участвовал в проведении учений «Восток-2010», в рамках которых впервые совершалось перебазирование фронтовой авиации на расстояние свыше 8000 км без промежуточной посадки с дозаправкой в воздухе.

В августе 2008 года подполковник В. И. Богодухов принимает активное участие в боевых действиях против грузинской армии, вторгшейся в Южную Осетию. За мужество и героизм, проявленные при выполнении воинского долга в Северо-Кавказском регионе, Указом Президента РФ от 14 октября 2008 года подполковнику Владимиру Ивановичу Богодухову присвоено звание Героя Российской Федерации с вручением знака особого отличия – медали «Золотая звезда».

Вышел в запас в 2012 г.

4 декабря 2011 г. был избран депутатом Липецкого областного Совета депутатов V созыва по списку регионального отделения партии «Единая Россия».

С 2012 г. ‒ член партии «Единая Россия».

В 2013 г. назначен директором Государственного (областного) бюджетного учреждения «Центр патриотического воспитания населения Липецкой области».

В 2016 году избран депутатом Государственной Думы Федерального Собрания Российской Федерации VII созыва.

19 сентября 2021 года стал депутатом Липецкого областного Совета депутатов по спискам партии «Единая Россия».