Врач, краевед  М. П. Трунов родился 21 октября 1867 года в г. Воронеже, в многодетной семье. Он окончил классическую гимназию в Воронеже, медицинский факультет Московского университета (1891).

Работал в хирургическом отделении  Воронежской губернской земской больницы, земским врачом в с. Хлевное, затем, до 1903 года – на железнодорожных станциях Анна, Елец и Лиски. Именно в этот период начинается активная краеведческая деятельность Михаила Павловича. Уже в 1897 году он готовил «Обзор состояния земской медицины в Задонском уезде», изучал историю края. С 1901 года являлся действительным членом Воронежской ученой архивной комиссии и с этого же года стал заниматься археологическими исследованиями.

Человек с обостренным чувством справедливости, пацифист по убеждениям, М. П. Трунов несколько раз становился участником судебных разбирательств. В 1902 году – за оскорбление жандармского ротмистра (был оправдан). В 1906 году – за отказ освидетельствовать новобранцев, демобилизованных на войну с Японией (получил строгий выговор). В этом же году за участие в организации Крестьянского союза и бойкоте выборов в Первую Государственную думу  Особое совещание Департамента полиции постановило выслать М. П. Трунова на пять лет под гласный надзор полиции в Туруханский край. После запроса общественности в Государственную думу это наказание было заменено высылкой на два года в европейскую часть страны. Так в июле 1906 года Михаил Павлович оказался в Липецке.

Поселившись на Вознесенской площади (ныне пл. Театральная), он занимался частной медицинской практикой. С 1908 года работал врачом приемного покоя на винном складе и одновременно практиковал на Липецких минеральных водах, затем был врачом на Сокольском заводе и рудниках, где лечил рабочих, в том числе военнопленных.

Общественная деятельность М. П. Трунова имела огромное значение для развития культуры небольшого провинциального городка. Им были созданы Липецкое Петровское общество распространения научных и практических знаний, Липецкий краеведческий музей, архив, библиотека. По его инициативе и при непосредственном участии был создан музей Г. В. Плеханова. Михаил Павлович первым ввел в научный оборот сведения о Гагаринской верхнепалеолитической стоянке, стал одним из первых исследователей истории Липецких железоделательных заводов и курорта Липецких минеральных вод.

В 1924 году М. П. Трунов был арестован и признан «социально опасным» – за хранение в фондах музея 25 номеров антисоветской газеты «Руль», издававшейся в Швейцарии и попавшей к нему случайно. Он был выслан за пределы Тамбовской губернии, с мая 1925 года жил и работал участковым врачом в сёлах Дрязги и Новочеркутино Усманского уезда Воронежской губернии, затем на станции Верховье Орловской губернии. В 1930 году он вернулся в Липецк. А в 1931 году снова был арестован за «участие в Воронежской контрреволюционной монархической организации, ставившей перед собой задачу свержения Соввласти» («Дело воронежских краеведов»). Из 92 обвиняемых только двое, в том числе и Михаил Павлович, не признали себя виновными. Его выслали в Томск в Трудкоммуну ОГПУ сроком на 5 лет.

По ходатайствам многих известных людей, в том числе липчан, М. П. Трунов был досрочно освобожден от наказания (1934) и переехал с семьей в пос. Лисий нос под Ленинградом, работал в больнице пос. Лахта. Связей с липецкими краеведами не обрывал, заботился о новых экспонатах для Липецкого музея, о памятниках истории.

М. П. Трунов умер 6 ноября 1942 года в больнице железнодорожной станции Бабаево (ныне Вологодская область), служившей перевалочным эвакуационным пунктом для жителей блокадного Ленинграда.

Реабилитирован 3 июля 1978 года.

Постановлением Липецкого областного Совета депутатов от 21 августа 2003 года учреждена областная премия имени М. П. Трунова – за лучшие исследовательские работы в области научного краеведения. Решением Липецкого городского Совета депутатов от 23 декабря 2014 года имя Михаила Трунова присвоено одной из новых улиц в г. Липецке.