В 1768 году святитель Тихон оставил управление Воронежской епархией. Пребывая на Задонской земле, он особенно любил Тюнинскую слободу.  Здесь, уединяясь для молитвы, он также приводил в порядок и родник. 

В начале 19 века в Задонском Богородицком мужском монастыре поселился Владыка Антоний. Молитвами о. Антония и заботами помещика А.Ф. Викулина в августе 1813 года недалеко от источника был освящен каменный храм во имя иконы Божией Матери «Живоносный источник». Весной 1814 года рядом с храмом обосновались 30 отшельниц.

В 1820 году А.Ф. Викулин начал строительство еще одного храма в честь святого благоверного князя Александра Невского. Но в 1823 году он умер. Началось ущемление прав только что образовавшегося монастыря. У монахинь отняли землю, закрыли храм во имя иконы Божией Матери «Живоносный источник» под предлогом его ветхости, а в храме в честь святого благоверного князя Александра Невского была открыта богадельня.

Указом Святейшего Синода от 11 мая (23 мая по новому стилю) 1861 года учреждена Богородице-Тихоновская женская община в г. Задонске, впоследствии Богородице-Тихоновский Тюнинский женский монастырь. Учрежедние общины совпало с открытием мощей святителя Тихона. Первой настоятельницей (1861-1863) стала монахиня Воронежского Покровского женского монастыря Евсевия.  Благодаря ее усилиям в 1863 году были начаты восстановительные работы храма во имя иконы Божией Матери «Живоносный источник» с двумя приделами: правым – во имя святителей Митрофана и Тихона, левым – в честь Пророка, Предтечи и Крестителя Господня Иоанна. В 1889 году был заложен храм в честь Вознесения Господня.

После Октябрьской революции, в 1919 году,  у обители конфисковали землю, все запасы, скот, инвентарь. В 1930 году представителями власти было принято решение о выселении монахинь из монастыря и конфискации зданий. 10 февраля 1930 года за сопротивление власти монахини были арестованы и отправлены в ссылку, а настоятельница Мелитина была расстреляна в Елецкой тюрьме.

С 1994 года началось возрождение монашеской жизни в монастыре. Заботу о восстановлении Богородице-Тихоновского монастыря взяли на себя насельники Задонского Рождество-Богородицкого мужского монастыря. Особенно активно строительные работы ведутся с 2001 года. За этот период были восстановлены почти все монастырские строения.

В 2005 году был полностью благоустроен святой источник в честь святителя Тихона Задонского. 1 июля 2006 года в восстановленном храме обители в честь святого благоверного князя Александра Невского был совершен чин полного освящения храма и храмового престола.

 В настоящее время в монастыре находятся древние местночтимые чудотворные иконы. Среди них чудотворная икона Божией Матери «Иверская», местночтимая икона святого великомученика Пантелеимона, написанная на Афоне, и икона Божией Матери «Живоносный Источник» из часовни, которая стояла ранее над святым источником, разрушенным в годы советской власти.

Монастырь оказывает благотворительную помощь нуждающимся: пенсионерам, инвалидам, освободившимся из мест тюремного заключения, больным детям.  Монахини ведут переписку с заключенными женской тюрьмы в Орловской области, отсылают посылки с продуктами питания, одеждой.